九州大学继东京大学和京都大学建立后，九州大学于1911年开始设立，当时只设有九州帝国大学医科大学和九州帝国大学工科大学两个学科。1919年除了根据修改“大学令”，将原有的两分科大学改成医学部
和工学部，又增设了农学部。以后6年间又增设了法文学部、理学部。第二次世界大战后日本教育体制进行了彻底的改革，九州帝国大学改为九州大学。不久法文学部一分为三，设立了法学部、文学部、经济学部，并增设了教育学部，同时将福冈高中及久留米工业专科学校并入九州大学。其后，又陆续增设了教养学部、药学部、牙科学部等。1953年九州大学研究生院成立。2000年，为了更好地进行跨专业和院系的教育和研究，创设了“学府、研究院制度”。2004年随着国立大学法人化改革，九州大学也改为国立大学法人九州大学，进一步增强了大学的独立性和自主性。2005年占地275公顷的伊都新校区开始部分投入使用。据2005年的统计，全校共设11个学部、17个学府、16个研究院、3个附属研究所和医院等，在校学生约18,200人、教师和职员分别约2,320和2,150名。截至2006年5月1日，留学九州大学的外国留学生共1141名。
1903年4月京都帝国大学的分部京都帝国大学福冈医科大学成立，这就是九州大学的前身。当时由于国家百废待兴，从财政、购地、校舍建筑各方面均力不从心，所以在8年之后也就是1911年方正式挂出九州帝国医科大学，同时还设有九州帝国工科大学，这是今天九州大学能成为综合性大学的基础。1947年改名为九州大学。1949年，包含位于福冈地区的旧制九州大学，再加上九州大学附属医学专门部、福冈高等学校、久留米工业专门学校成为新制的九州大学。旧福冈高等学校的设施与教职员并入九州大学第一分校（1955年与第二分校整合为九州大学分校，1963年开始称为教养部），旧久留米工业专门学校设为第二分校（1955年与第一分校合并），旧陆军步兵第四十八连队兵舍遗址则设为第三分校（于1951年废止）。2003年根据法律第29号吸收九州艺术工科大学，2004年根据国立大学法人化，从原本由国家直接设置管理的国立大学转为国立大学法人。
九州大学校区相对比较集中，除了一些附属研究设施和实习基地，如农场、林场、海洋火山观察所等分布于九州及九州以外地区，教学、研究、行政基础设施均在福冈市内。为了追赶新技术革命的迅猛发展形势，日本政府近来把能源、宇宙科学、癌三大重点尖端研究项目交给基础雄厚的几所国立大学进行，九州大学亦是其中之一。比如在室内核聚变进行新能源开发这一项目中，日本政府每年不惜投资100亿日元用于设备改造和加强研究力量。
九州大学的超导、等离子体有关部门积极加入了这一重大工程的研究。另外，在海洋、火山、地震预测方面，九州大学在日本西部九州地区有完善的预测网。在癌的研究上，生医所已就癌的致因、诊断、治疗等方面与其它大学合作，取得了可喜的进展。九州大学历来有良好的学风，治学严谨，重视学生的实习和实践，教师重视启发式教学，毕业生十分受用人单位欢迎。可以毫不夸张地说，今天的九州大学已名副其实地成了日本西部地区一所举足轻重的高等学府。
大学学部：
文学部
教育学部
法学部
经济学部
理学部
医学部
齿学部
药学部
工学部
艺术工学部
农学部
学府/研究院：
人文科学府/研究院
比较社会文化学府/研究院
人间环境学府/研究院
法学府/研究院
法务学府
经济学府/研究院
言语文化研究院
理学府/研究院
数理学府/研究院
医学系学府/研究院
齿学府/研究院
药学府/研究院
工学府/研究院
艺术工学府/研究院
系统资讯科学府/研究院
综合理工学府/研究院
生物资源环境科学府
系统生命科学府
农学研究院
九州大学的学年始于每年4月1日，直到翌年3月31日结束。前学期为4月～9月，后学期为10月～次年3月。每年有三个假期，分别为：夏假(8月初～9月底)、冬假(12月下旬～1月上旬)、春假(4月初)。此外，九州大学每年10月举行运动会，休假一天；11月下旬举行九大祭，为期5天。
本科学制一般为4年，医学、牙医学需要6年；在大学院学习2年，完成博士前期课程，可以取得硕士学位；再学习3年，完成博士后期课程，可以取得博士学位。医学、牙医学研究所(硕士专业除外)在读完本科6年的基础上，再攻读4年，可以直接取得博士学位。
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